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La historia de nuestra Facultad se remonta a la década del setenta, cuando en la sede Talca de la Universidad de Chile se dictaban las carreras de Técnico Agrícola y posteriormente Ingeniería de Ejecución Agrícola. En este periodo ya se contaba con una Estación Experimental (actual Estación Experimental San Agustín de Aurora dependiente de la Universidad de Chile) y un laboratorio de análisis de suelos. Posteriormente, en la década de los ochenta (1981) se crea la Universidad de Talca , mediante la fusión de las antiguas sedes regionales de la Universidad Técnica del Estado y de la Universidad de Chile. Esta nueva Universidad de Talca forma su propio Departamento de Ciencias Agropecuarias.

En el año 1983 se crea la Facultad de Ciencias Agrarias y Forestales,
mientras en 1987 se toma la decisión de crear la carrera de Agronomía. Con este fin los profesores Virgilio Mannarelli y Eugenio Rodríguez, elaboran el denominado "Proyecto de Creación de la Carrera de Agronomía", el cual es aprobado por el Ministerio de Educación, creándose la carrera con fecha 29 de Julio de 1987. En 1988 la Facultad pasa a denominarse Facultad de Recursos Naturales , bajo cuya estructura pasan a depender la Escuela de Agronomía, Ingeniería Forestal y las áreas de Biología y Biotecnología. Su primer Decano fue el profesor José Antonio Olaeta (1988-1990), siendo este cargo luego ocupado por los profesores Álvaro Rojas (1990) y Emilio Cuevas (1991-1996). Ejercieron la función de Director de Escuela de Agronomía durante este período los profesores Jorge Retamales (1989-1992), José Antonio Yuri (1992-1996) y Yerko Moreno (1996).

Finalmente en 1996, con fecha 27 de Diciembre y mediante acuerdo Nº 478 de la Junta Directiva de la Universidad de Talca, se crea la actual Facultad de Ciencias Agrarias, la cual incluye tres departamentos académicos (Horticultura, Producción Agrícola y Economía Agraria) y la Escuela de Agronomía encargada de la administración de la docencia y del plan de estudios. Como Decanos de la Facultad de Ciencias Agrarias han ejercido los profesores Javier Luis Troncoso (1997-2000), Jorge Retamales (2000-2003) y Samuel Ortega (2003-2006) y actualmente, desde 2006 (mayo) Gilda Carrasco asume este el decanato de la Facultad; mientras la Dirección de la Escuela de Agronomía ha recaído en los profesores Eugenio Rodríguez (1997-2000) y Paula Manríquez (2000 a la fecha).

Durante las décadas de los ochenta y noventa, a través del apoyo del sector público y privado, se ha materializado el desarrollo de diversos Laboratorios (Hortalizas, Floricultura, Plantas Medicinales y Sanidad Vegetal) y Centros: Centro de Pomáceas, CP; Tecnológico de la Vid y el Vino, CTVV; Centro de Investigación y Transferencia en Riego y Agroclimatología, CITRA y el Centro Tecnológico de Suelos y Cultivos, CSYC. Esta historia de crecimiento sostenido se mantiene en el siglo XXI, con la creación de programas de postgrados dependiente s de nuestra Facultad. El Magíster en Horticultura (2000) y el Master in International Agribussines (2002) son los programas reacreditados por la Comisión Nacional de Postgrado, CONAP, este último con doble graduación con la Universidad de Göttingen, Alemania. Desde el año 2005, se formó el Doctorado en Ciencias Agrarias, siendo éste nuestro más reciente compromiso al desarrollo de las Ciencias Agrarias. en la Región del Maule